Zowel in Oud-Zuid als in Zuideramstel wonen mensen op het water.
In het stadsdeel Zuid liggen langs de Amstel, de Schinkel en in het Jachthavengebied woonboten. Het stadsdeel is verantwoordelijk voor het maken van beleid en regelgeving voor woonboten.
Voor voormalig stadsdeel Zuideramstel is het beleid vastgelegd in de nota 'Wonen op de Amstel geregeld' (2004) De regels voor ligplaatsvergunningen, vervanging van woonboten en objecten vindt u in de folder: 'Wonen op het Water, informatie over woonboten in Zuideramstel'
In voormalig stadsdeel Oud Zuid liggen woonboten in de Schinkel, Amstel en Amstelkanaal en de Boerenwetering. De regels voor deze woonboten zijn vastgelegd in de bestemmingsplannen.
Er wordt momenteel gewerkt aan een nieuw bestemmingsplan voor het water in de Pijp. Op 26 maart 2010 is hiervoor 'Het voorbereidingsbesluit Water in De Pijp' in werking getreden. Dit voorbereidingsbesluit heeft als doel de bestaande situatie in deze wateren te ‘bevriezen’. Het is een officiële stap ter bevordering van de inwerkingtreding van nieuw beleid voor woonboten in de Pijp dat momenteel in voorbereiding is. Het voorbereidingsbesluit duurt maximaal een jaar en heeft tot gevolg dat bouwaanvragen aangehouden moeten worden. Ook wordt het verboden om het bestaande feitelijke gebruik te wijzigen.